La obra de Caro Baroja, inmensa, difícil de clasificar, abierta a los más diversos temas, perspectivas y épocas históricas y en la que los estudios sobre el País Vasco, mostrando su esencial complejidad, desde una concepción dinámica y amorosa de su identidad, compatible con la identidad española, ocupan un lugar fundamental, sólo aparentemente resulta dispersa. Los excelentes estudios de Greenwood han mostrado la unidad de intereses de unos trabajos que abarcan arqueología, historia foral, tecnología, urbanización, mitología, numismática, arte y literatura popular, folklore, magia y religión, lingüística ..., integrando antropología e historia en un único esquema de investigación. Hay que destacar especialmente como aspectos relevantes de su investigación: la capacidad para poner en cuestión «los viejos lugares comunes»; la integración en la historia de la «historia chica», es decir, «la historia del pueblo, de las grandes masas que sufren la gran historia, pero sobre la que, a su vez, ejercen considerable influencia»: en realidad, «gran historia» y «pequeña historia» no difieren en lo esencial; la atención prestada a las «formas de localidad», a la dimensión o expresión espacial de la organización social; la consideración penetrante de los problemas de las «minorías oprimidas»; el análisis de la «mentalidad popular» y, finalmente, el estudio de la vida como relato, como narración, estudiando las personas -con lo que se abre un campo decisorio a la biografía- «de acuerdo con los conceptos cardinales que tienen de sí mismas y de su ambiente» (D. J. Greenwood, «Julio Caro Baroja. Sus obras e ideas», en Ethnica. Revista de Antropología , 2 (1971), pp. 77-97, y «Etnicidad, identidad cultural y conflicto social: una visión general del pensamiento de Caro Baroja», en Julio Caro Baroja. Premio de las Letras Españolas , pp. 7- 33.). Obra, pues, integrada a partir de un peculiar enfoque: «Caro Baroja mira los problemas de la historia siempre en sus dimensiones humanas, como problemas humanos necesitando soluciones humanas. Busca en la historia siempre los problemas humanos que la vida de un período o bajo ciertas circunstancias presenta a los hombres. En esto yo veo una unidad fundamental que une su etnología vasca y andaluza, los estudios de la historia chica o los de las minorías. En todo enfoca los problemas como problemas humanos, solucionados o no por hombres de carne y hueso, hombres que a menudo se equivocan y que se hacen daño, pero que luchan por imponer en sus vidas orden y significado» (D. J. Greenwood).
La dimensión radicalmente humana de la investigación de Caro frente a Lévi-Strauss subraya su incompatibilidad con una ciencia antropológica orientada a alcanzar una exactitud semejante a la de las ciencias físico-matemáticas. La necesidad de tener en cuenta las pasiones y las emociones: amor, odio, violencia, intransigencia. La consideración de la turbulencia, el desorden, la contradicción como formas dominantes en la vida social y en la historia, contrapuestas al orden y la armonía, propias de la mecánica o de la teoría. El rechazo de las leyes generales y de las grandes teorías: Marx y Freud no serán sino autores de tautologías, pansexualismo y paneconomicismo, en definitiva, defendidos con escaso rigor. La riqueza empírica de su obra y su absoluto respeto al hecho. La preocupación por la realidad vivida. La autoidentificación como «historiador descriptivo». La dificultad para captar el marco teórico, conscientemente poco explicitado, incluso aparentemente rechazado en ocasiones: «Yo, como he dicho, nunca he dejado de ser un historiador y nunca he podido escribir nada sin pensar en profundidades temporales y en irregularidades, desarmonías y contradicciones [...] Me cuesta mucho encontrar el orden donde sea». Todo ello, ¿supone en definitiva, una verdadera ausencia de marco teórico? No tal. Por de pronto, Caro fundamenta conscientemente su trabajo, lo que no es demasiado frecuente en los estudiosos de las ciencias sociales, en una concepción filosófica. El hombre, afirma, está en una encrucijada que es su propia vida. Y en una situación en la que «nunca se ha sabido tanto de los hombres en detalle, pero que también nunca se ha sabido menos del hombre como tal hombre», recurre, buscando una integración de hombre y cultura, a Kant, a su «esquema memorable» de lo que debe ser la «antropología», tan distinto al seguido por los antropólogos del siglo XIX : el hombre, al pretender conocerse a sí mismo, debe empezar desde «dentro», para luego procurar conocer a los hombres que tiene más cerca y después ya a los que ocupan posiciones más lejanas. Así mismo, Kant señaló una serie de fuentes, escasamente utilizadas por los antropólogos: los relatos o libros de viajes, el teatro, la novela o la biografía. Caro, por otra parte, fue plenamente consciente de lo imprescindible del apoyo teórico, sin el que carecería de sentido la acumulación de datos, para cualquier tarea que se pretenda científica. Buen conocedor de la teoría, utilizará una metodología antropológica, incluyendo la práctica asidua del trabajo de campo, admitiendo expresamente la influencia de las obras de los antropólogos funcionalistas y proponiendo la sustitución del análisis morfológico por el funcional: «Al dar a mi libro el título que le he dado, he procurado subrayar mi interés por este problema estructural, por no decir funcional, ya que la primera palabra parece estar ahora más en boga que la segunda» ( Las brujas y su mundo , Madrid, 1979, p. 108). Será, sin embargo, consciente de las limitaciones del funcionalismo, de una metodología exclusivamente sincrónica -rechazará la unilateralidad metodológica: «Al poner todo el acento en el método, se deforma la cosa hasta convertirla en caricatura »-, especialmente para el estudio de sociedades complejas. Preocupado por el hombre cercano, por las sociedades con cultura escrita, con archivos, para las que el análisis histórico resulta fundamental, desemboca en una metodología, según sus propios términos, estructural-histórica -«Creo, sin embargo, que hoy día estamos en situación de hablar de algo que podría llamarse "estructuralismo" o "funcionalismo histórico"»- que expresamente afirma utilizar en Los judíos en la España moderna y contemporánea .
Antropología histórica, historia social, etnohistoria, los perfiles se desdibujan, pues, como ha señalado Carmen Ortiz, en Caro Baroja caben todas las combinaciones posibles entre antropología e historia. Caro aplica a los estudios históricos los métodos estructural-funcionales de los antropólogos, a los que, cercano a Evans Pritchard, dota de dimensión histórica. Autodefinido también como «historiador social», mas, como veremos, consciente de la indisoluble unión de la historia y de la antropología, podríamos encuadrar el trabajo de Caro en lo que se viene denominando etnohistoria . Se trata, para Nipperdey, de un tipo de historia con este punto de partida: «El mundo humano histórico se constituye en una relación triple de sociedad, cultura y persona: las estructuras sociales, culturales y personales se encuentran en una relación de interdependencia recíproca, un hecho que, por ejemplo, cualquier buena novela del siglo XIX clarifica a la intuición precientífica. Aclarar esta interdependencia históricamente por encima de los modelos abstractos de la sociología es la tarea de una ciencia de la historia orientada antropológicamente. Además, partimos de que un sistema social y cultural está referido a la persona, la forma y ha de interpretarse a partir de ella». Una historia, por tanto, centrada en la integración, en la interdependencia, en el establecimiento de relaciones, sin determinaciones ni jerarquizaciones previas, abarcando lo objetivo y lo subjetivo, lo sociológico y lo psicológico.