Las consecuencias de estas tendencias moldean la versión del cristianismo que se observa en el Evangelio de Judas. El problema básico es el problema del mal: ¿cómo puede un ser supremo bueno haber hecho nacer un mundo malvado? El mundo es realmente malvado, pero no fue creado por la deidad suprema, que es demasiado elevada para ser nombrada o incluso concebida. El problema de una creación malvada se soluciona con la emanación de una serie de seres cada vez más malvados, uno de los cuales, el Dios del Antiguo Testamento, es responsable de la creación (a lo que podría objetarse que alargar la cadena de mando no es una solución: el mal sigue surgiendo en última instancia del ser supremo). La única escapatoria es por medio del conocimiento, y el conocimiento salvífico no puede adquirirse a partir del mundo malvado. Debe impartirse desde fuera, y aquí es donde entra Jesús. Jesús es el revelador, quien revela conocimiento a aquellos que poseen la chispa de la divinidad. Judas es uno de ellos; el resto de los doce no lo son. Judas responde, los otros no. Jesús se burla de ellos por participar en una comida de acción de gracias que debe de ser seguramente la eucaristía. En ella «empezaron a enfadarse y a ponerse furiosos, y comenzaron a blasfemar contra él en sus corazones» (núm. 34). También hay una burla de los sacrificios (con su resonancia judía), ya que un sacerdote es «un ministro del error» (núm. 40). Las consecuencias de estas tendencias conforman la versión del cristianismo que se observa en el Evangelio de Judas.
En esta forma de cristianismo, Jesús es únicamente un maestro que imparte conocimiento, no un salvador que redime por medio de sus acciones. La resurrección resulta implanteable, porque supondría un regreso de Jesús a las maldades del cuerpo. El gran beneficio conferido por Judas a Jesús es brindarle la liberación definitiva de su cuerpo.
Esta admirable y comprensiva publicación del recién descubierto Evangelio arroja ciertamente una gran cantidad de luz sobre el cristianismo, no tanto sobre los comienzos mismos ni sobre el momento actual, sino sobre un momento crítico de su desarrollo, la transición de un movimiento integrado por judíos y sus afines («temerosos de Dios» o prosélitos) a una cultura plenamente gentil. Esta transición suscitó la cuestión de si el judaísmo debía seguir siendo, y hasta qué punto, la base del movimiento cristiano. El autor o autores desconocidos del Evangelio de Judas dieron una respuesta: el rechazo y la burla del judaísmo en favor de un intento de explicar el cristianismo con categorías tomadas del neoplatonismo de Alejandría. Otros documentos y relatos de la época muestran que este intento se vio respaldado por brillantes intelectos especulativos, intelectos mucho más brillantes que los defensores con frecuencia pedestres de la tradición judía, como Ireneo. Fue, sin embargo, la tradición judía la que acabó imponiéndose, siendo aprobada y desarrollada por el pensamiento teológico posterior. Un cristiano diría que fue obra del Espíritu Santo.